В 1940 году на биостанции был создан кабинет гидрологии и метеорологии, организована метеорологическая площадка. Юлий Карлович Круберг, в то время доцент кафедры ботаники, на специально выделенном участке территории, организовал регулярные наблюдения за природными объектами. Студенты с интересом изучали флору этой хотя и небольшой, но заповедной территории. Здесь были заложены дарвиновские площадки. К этому времени был создан коллекционный отдел образцового школьного учебно-опытного участка, на котором выращивались основные зерновые, технические и овощные культуры.
Весной и в начале лета 1941 работа на биостанции шла своим чередом. С известием о начале войны практика приостановилась и 12 июля биостанцию покинули последние студенты. Многие преподаватели ушли на фронт. В сентябре 1941 года Вырица была занята немцами. В бывшем преподавательском корпусе расположилась немецкая комендатура. Хотя Вырица не подвергалась артобстрелам и бомбардировкам, но агробиостанции был нанесен значительный ущерб.
После освобождения Вырицы в январе 1944 г. преподаватели и персонал станции взялись за восстановление биостанции и к лету 1945 г. она была в значительной мере восстановлена. В конце 1945 г. с фронта вернулся П.И. Боровицкий и вновь принял активное участие в укреплении и развитии биостанции.